The Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modeling, University of Warsaw (ICM) of Poland Selects IBM to Fuel National Science. The IBM Blue Gene/P supercomputer at ICM, Poland. Warsaw, Poland - May 11, 2011. President Obama recognized IBM and its Blue Gene family of supercomputers with the National Medal of Technology and Innovation, the country's most prestigious award given to leading innovators for technological achievement. Blue Gene's speed and expandability have enabled business and science to address a wide range of complex problems and make more informed decisions - not just in the life sciences, but also in astronomy, climate, simulations, modeling and many other areas. Courtesy of IBM

Warsaw, Poland - April 04, 2013

IBM (NYSE: IBM) Blue Gene/Q, the most powerful single architecture supercomputer in Poland, has been chosen by The Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modeling, University of Warsaw (ICM) of Poland to support the country's largest biomedical and biotechnological research initiative called, "Centre for Pre-clinical Research and Technology (CePT).”

The IBM Blue Gene/Q supercomputer When Blue Gene/Q is fully deployed in 2012 at Lawrence Livermore National Laboratory (LLNL), the system, named “Sequoia”, is expected to achieve 20 petaflops at peak performance, marking it as one of the fastest supercomputers in the world. Courtesy of IBM

More than 500 life sciences and biomedical researchers, physicians and students, from a consortium led by The Medical University of Warsaw (WUM) and consisting of three universities and seven research centers of the Polish Academy of Sciences, will use the supercomputer and its supporting e-infrastructure to gain further insight into chronic diseases.

The IBM Blue Gene/Q supercomputer named “Nostromo” at ICM, Poland. Warsaw, Poland – March 25, 2013. ICM's new BlueGene/Q, code named Nostromo, will help scientists process up to 16 terabytes of Big Data per one sequence by running compute-intensive simulations at the speed of 209.7 trillion operations per second. Nostromo currently ranks N 143 on the Top500.org list and N 9 on Green500.org. Courtesy of ICM

“CePT, a EUR 100 million project, aims to support Poland's transition towards more preventive and patient-centric healthcare,” said Dr. Robert Sot, Director of CePT, Warsaw University.
“The project will allow the medical community to provide a more holistic approach and open collaboration for the development of innovative treatments and drugs that will improve patients’ quality of life over the long term."

Dr. Robert Sot, Director of CePT, Warsaw University. Courtesy of CePT

Estimations show that over one-fourth of Poland’s aging population has developed at least one or, very often, more chronic diseases such as: cancer, diabetes, heart disease, respiratory conditions, stroke, and neurological disorders.

Early detection and timely diagnosis of these diseases translate into well-targeted and optimized healthcare, as well as improved quality of a patient's life.

Similar demands could stimulate the need to carry out clinical and pre-clinical tests covering three to five million Polish citizens, and generate massive volumes of valuable health data which can, in turn, be used by laboratories.

The IBM Blue Gene/Q supercomputer named “Nostromo” at ICM, Poland. Warsaw, Poland – March 25, 2013. Courtesy of ICM

ICM's new BlueGene/Q, code named Nostromo, will help scientists process up to 16 terabytes of Big Data per one sequence by running compute-intensive simulations at the speed of 209.7 trillion operations per second.

The supercomputer will use algorithms moving beyond the "routine" sequencing of human or animal genomes, to tackle more complex processes that will reveal the rare variants in human genetics, (i.e. those that cause predispositions to Alzheimers, cancer, diabetes, downs syndrome, etc.).

The IBM Blue Gene/Q supercomputer named “Nostromo” at ICM, Poland. Warsaw, Poland – March 25, 2013. Courtesy of ICM

By understanding what prevents protein molecules, which build and maintain human bodies, from folding up properly and triggering a disease, scientists will be able to develop a new drug or treatment, (i.e. "build" their own molecules or block the action of undesirable enzymes).

Prof. Marek Niezgódka, Director of ICM. Courtesy of ICM

"The process of developing and generating a new drug or treatment normally takes up to three years, and costs have nearly quadrupled in the past 15 years," said Prof. Marek Niezgódka, Director of ICM.
"With Nostromo, we expect to increase the simulation speed which will bring us much closer to the era of "personalized medicine,” when preventative approaches can be tailored to a specific condition."

Big Data in Healthcare: Tapping New Insight to Save Lives Infographic. Courtesy of IBM

Nostromo currently ranks N 143 on the Top500.org list and N 9 on Green500.org.

The system has already been installed by IBM Poland and Qumak SA, IBM's Business Partner.

Ales Bartunek, Country General Manager, IBM Poland and Baltics. Courtesy of IBM

"IBM delivered the most powerful single architecture supercomputer for the ICM of Poland. Nostromo is able to process up to 16 TB of Big Data per one sequence by running simulations at the speed of 210 TFLOPS,” said Ales Bartunek, Country General Manager, IBM Poland and Baltics.
"We are confident that the POWER based Blue Gene/Q has the potential to save years of research and help scientists take healthcare in Poland to the next level."


About Nostromo


The IBM Blue Gene/Q system, based on POWER architecture, currently ranks N 143 on theTop500.org list and N 9 on the Green500.org.

It runs at 209.7 trillion operations per second (TFLOPS).

Maciej Cytowski, Project manager ICM UW. Courtesy of ICM

Its ability to process Big Data is instrumental for the faster isolation and analysis of genes and proteins, responsible for the most common chronic lifestyle diseases.

It can also be used to simulate new drug development.

Jim Wood, Blue Gene/Q installation team IBM. Courtesy of ICM

The supercomputing’s drug modeling, integrates mathematics, physics, chemistry and biology with advanced, high performance computing and engineering and has the potential to significantly reduce a new drug’s time to market by developing new procedures of drug design.

Will Jose, Blue Gene/Q installation team IBM. Courtesy of ICM

Blue Gene/Q (BG/Q) is the next evolutionary waypoint on IBM’s HPC leadership roadmap to ultra-scalability and ultra-reliability in a power-efficient, space-saving platform for the most demanding grand challenge computational science applications.

It is the next logical step towards developing technologies and architectures for exascale capable computing systems.

Maciej Cytowski, Project manager ICM UW. Courtesy of ICM

Reliability is one of the most critical issues facing ultrascale computing.

As the number of processing elements continues to grow, those elements must show a comparable increase in reliability in order to deliver a productive and useful platform.

As with the previous generations of Blue Gene, the reliability of a machine at this scale will be unparalleled.

Maciej Cytowski, Project manager ICM UW. Courtesy of ICM

The BG/Q design continues the remarkable legacy of its previous two Blue Gene generations providing unmatched power efficiency.

The Nostromo supercomputer is by far the most energy efficient supercomputer in Poland and is among the top ten on the Green500.


About ICM: http://www.icm.edu.pl/web/guest/home  

About CePT: http://cept.wum.edu.pl/en/node/91  

About IBM in Poland: www.ibm.com/pl  

About IBM Blue Gene/Q: http://www-03.ibm.com/systems/technicalcomputing/solutions/bluegene/index.html  


Contacts information

Allyson McKenney
IBM Media Relations
1 (914) 766-4182
amckenney@us.ibm.com  

Tomasz Stachera
IBM Media Relations
+48-22-609-5612
tomasz.stachera@pl.ibm.com  

Holli Haswell
IBM Media Relations
1 (720) 396-5485
hhaswell@us.ibm.com  

Svetlana Stavreva
IBM Media Relations
+43-664-618-6851
stavreva@at.ibm.com  


Source: IBM

http://www-03.ibm.com/press/us/en/index.wss  



ICM UW z technologią IBM Blue Gene/Q


Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego (ICM UW) udostępniło jedno z największych europejskich środowisk obliczeniowych dedykowanych badaniom w dziedzinie biomedycyny i biotechnologii.

ICM UW jest pierwszym w Polsce ośrodkiem obliczeniowym posiadającym system IBM Blue Gene/Q.

System o nazwie Nostromo został zakupiony oraz zainstalowany w ramach Projektu Centrum Badań Przedklinicznych i Technologii (CePT), którego jednym z realizatorów jest Uniwersytet Warszawski.

Razem z klastrem obliczeniowych o architekturze GPU oraz systemem masowego przechowywania danych stanowi aparaturę Centrum Wielkoskalowego Modelowania i Przetwarzania Danych Biomedycznych (MODEL) prowadzonego w CePT przez ICM UW.

W ramach centrum MODEL powołane zostały dwa laboratoria (Laboratorium Wielkoskalowych Obliczeń i Przetwarzania Danych Biomedycznych oraz Laboratorium Modelowania Wizualnego i Wizualnej Prezentacji Informacji Biomedycznej), do których zadań należą przede wszystkim optymalizacja i udostępnianie aplikacji na systemach obliczeniowych, wsparcie w prowadzeniu obliczeń wielkoskalowych, praca nad nowymi wydajnymi modelami obliczeń równoległych na systemach HPC (High Performance Computing) oraz wsparcie w zakresie technik analizy wizualnej oraz przetwarzania ogromnych zbiorów danych biomedycznych.

System Nostromo udostępniony zostanie naukowcom pracującym nad problemami badawczymi w naukach biologicznych i umożliwi im prowadzenie obliczeń w skali dotychczas nieosiągalnej w polskich centrach komputerowych.

Służyć będzie m.in. do przeprowadzania wielkoskalowych symulacji w modelowaniu biomolekularnym i neurobiologii.

„Nostromo to wysokiej klasy środowisko obliczeniowe dla zastosowań biomedycznych, które umożliwi prowadzenie badań na znacznie większą skalę, przy większym poziomie szczegółowości oraz w wyraźnie krótszym czasie. Instalacja tego systemu to ważny krok na drodze umacniania potencjału badawczego Centrum, który wpłynie na innowacyjność polskich badań na rzecz nowoczesnej medyny." - powiedział dr Robert Sot, Dyrektor CePT na Uniwersytecie Warszawskim.

Oparty na technologii procesorowej POWER, system IBM BlueGene/Q zainstalowany w ICM, znajduje się na 143. miejscu listy najszybszych superkomputerów na świecie (Top500.org), natomiast wynik 2GFlops/Watt plasuje go na 9. miejscu najbardziej energooszczędnych superkomputerów na świecie według rankingu Green500.org.

Jest on też najbardziej energooszczędnym superkomputerem w Polsce.

Blue Gene/Q jest najnowszą generacją architektury IBM Blue Gene i stanowi przełomowy krok IBM w rozwoju wiodących technologii superkomputerowych cechujących się najwyższymi parametrami skalowalności obliczeń, niezawodności funkcjonowania oraz oszczędności energii i przestrzeni, które umożliwiają prowadzenie najbardziej wymagających symulacji z dziedziny największych wyzwań nauki, techniki i medycyny.

Technologia ta jest kamieniem milowym w rozwoju rozwiązań i architektur systemów obliczeniowych skali eksa (trylion obliczeń zmiennoprzecinkowych na sekundę).

System Nostromo jest obecnie największym systemem obliczeniowym o jednolitej architekturze procesorowej w Polsce.

Oznacza to, że największe i najbardziej wymagające zadania obliczeniowe będą mogły wykorzystać całą pulę 16,384 rdzeni obliczeniowych i 16TB pamięci operacyjnej dostępnych w Nostromo.

„IBM Blue Gene udostępnia naukowcom bezprecedensowe moce obliczeniowe, natomiast najważniejsze jest to, w jaki sposób będą one wykorzystane do badań nad najczęściej występującymi chorobami cywilizacyjnymi, w szczególności: chorobami nowotworowymi, neurologicznymi, układu krążenia oraz schorzeniami związanymi ze starzeniem się." - powiedział Ales Bartunek, Dyrektor Generalny IBM Polska i Kraje Bałtyckie.

Dostawa, instalacja oraz uruchomienie systemu Nostromo przeprowadzone zostało przez firmę Qumak.

Ze względu na unikalność oraz poziom skomplikowania tej maszyny, realizacja projektu była prawdziwym wyzwaniem.

Instalacja systemu wymagała m.in. zastosowania unikalnego systemu chłodzenia wodą, które umożliwia dostarczanie chłodziwa o precyzyjnie dostosowanych parametrach.

System Nostromo ma również duże, w porównaniu ze standardowymi rozwiązaniami teleinformatycznymi, wymiary oraz wagę (ponad 2 tony).

Instalacja zakończyła się przeprowadzeniem skomplikowanych testów akceptacyjnych wymaganych przez ICM, w tym uruchomieniem zadania obliczeniowego na wszystkich procesorach systemu, które wykazało realną moc obliczeniową dostarczonego rozwiązania.

"Dzięki wieloletniemu doświadczeniu oraz kompetencji naszych inżynierów w zakresie instalacji tego typu rozwiązań, możliwości technologiczne systemu IBM Blue Gene/Q będą mogły zostać w pełni wykorzystane przy realizacji niezwykle złożonych obliczeń projektu CePT." - powiedział Wojciech Żurek, Project Manager wdrożenia, inżynier ds. technologii HPC w firmie Qumak.


Źródło: Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego (ICM UW)

http://www.icm.edu.pl/  



ASTROMAN Magazine – 2011.05.15

ICM Selects IBM to Fuel National Science

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=973  


ASTROMAN Magazine - 2013.03.17

IBM Opens Lab to Bring R&D to the CEO

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1426  


ASTROMAN Magazine - 2013.02.24

Deutsche Telekom and IBM Collaborate to Help Build Smarter Cities

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1413  


ASTROMAN Magazine - 2013.01.18

IBM Research Team Wins Coveted Feynman Prize for Advancing Scanning Probe Microscopy

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1391  


ASTROMAN Magazine - 2012.12.15

Made in IBM Labs: IBM Lights Up Silicon Chips to Tackle Big Data

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1367  


ASTROMAN Magazine - 2012.12.08

IBM Completes Acquisition of Kenexa for $1.3 billion

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1362  


ASTROMAN Magazine - 2012.11.18

IBM Makes $4 Billion in Financing Available for Business Partners; Announces New Mobile App to Speed Access to Credit within Minutes

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1352  


ASTROMAN Magazine - 2012.11.11

IBM Delivers New Software to Help Organizations Build Smarter Products

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1347  


ASTROMAN Magazine - 2012.10.07

IBM Completes Acquisition of Texas Memory Systems

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1325  


ASTROMAN Magazine - 2012.09.29

Virginia M. Rometty Elected IBM Chairman

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1319  


ASTROMAN Magazine - 2012.09.15

IBM Scientists First to Distinguish Individual Molecular Bonds

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1313  


ASTROMAN Magazine - 2012.09.01

IBM Cloud to Deliver New Home Entertainment Services for Philips Smart TVs

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1305  


ASTROMAN Magazine - 2012.08.13

IBM Scientists "Waltz" Closer to Using Spintronics in Computing

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1296  


ASTROMAN Magazine - 2012.07.26

IBM to Power New Generation Radio Telescope and Help Probe the Origins of the Universe

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1283  


ASTROMAN Magazine – 2012.06.02

IBM Completes Acquisition of Vivisimo

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1246  


ASTROMAN Magazine – 2012.05.02

New IBM Business Integration Software Helps Enterprises Accelerate Adoption of Social Business, Cloud and Mobile Technologies

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1231  


ASTROMAN Magazine – 2012.04.01

IBM Increases Presence in Poland with New Branch Offices

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1213  


ASTROMAN Magazine – 2012.03.10

Made in IBM Labs: Holey Optochip First to Transfer One Trillion Bits of Information per Second Using the Power of Light

http://www.astroman.com.pl/index.php?mod=magazine&a=read&id=1197